Para organizar os arquivos no Google Docs em pastas, é só clicar no botão Criar e selecionar Coleções.
Na janela, dê nome para a pasta.
Dá para separar planilhas, documentos pessoais e compartilhados arrastando e soltando ícones.
Além de organizar, uma vantagem das pastas é realizar ações em vários documentos de uma só vez, como deixar de compartilhar todas as planilhas de uma coleção ou apagá-las.