A comunidade desenvolvedora dos programas “jailbreak” adverte para que os usuários aguardem a criação de novas ferramentas antes de atualizar o smartphone.
Segundo a Apple, a atualização 3.1.3, disponível via iTunes, melhora a precisão do indicador de nível de bateria no iPhone 3GS, resolve problemas para rodar aplicativos e corrige um bug envolvendo o teclado em japonês.
Em aparelhos com jailbreak, no entanto, a atualização impede o uso de programas não-licenciados e a realização de ligações telefônicas.