Existem muitas ferramentas gratuitas que ajudam neste sentido de segurança.
Um desses aplicativos é o Hide Folder, que possibilita proteger os arquivos e diretórios com senha.
Outra opção, se você quiser uma solução ainda mais segura, é usar o TrueCrypt.
O incômodo de você usar um programa como o TrueCrypt é que, se você esquecer a senha, não será possível acessar os arquivos protegidos.
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