Antes de tudo, grave esta informação:
Javascript não tem nada a ver com Java.
É certo que estas duas linguagens tem uma origem comum.
Mas, atualmente, são produtos totalmente distintos e tem entre si apenas uma relação de sintaxe.
Veja algumas diferenças principais entre estas duas linguagens: Java e Javascript:
Compilador
Para programar em Java necessitamos um Kit de desenvolvimento e um compilador. Entretanto, Javascript não é uma linguagem que necessite que seus programas se compilem, senão que estes se interpretem por parte do navegador quando este lê a página.
- Orientado a objetos
Java é uma linguagem de programação orientada a objetos. Javascript não é orientado a objetos, isto quer dizer que você pode programar sem necessidade de criar classes, tal como se realiza nas linguagens de programação estruturada como C ou Pascal. - Propósito
Java é muito mais potente que Javascript, isto porque Java é uma linguagem de propósito geral, com a qual você pode fazer aplicações variadas; com Javascript somente podemos escrever programas para ser executados em páginas web. - Estruturas fortes
Java é uma linguagem de programação fortemente tipada, isto quer dizer que ao declarar uma variável teremos que indicar seu tipo e não poderá mudar de um tipo a outro automaticamente. Por sua vez, Javascript não tem esta característica, e você pode colocar em uma variável a informação que desejar, independente do tipo desta. Além disto, você poderá mudar o tipo de informação de uma variável quando quiser.
Outras características
Como vemos Java é muito mais complexo, mas também, mais potente, robusto e seguro. Tem mais funcionalidades que Javascript e as diferenças que os separam são o suficientemente importantes como para distinguí-los facilmente.